トマトブラウンルゴースフルーツウイルスは世界中のトマトとピーマンの植物に感染するため、種子会社は耐性トマトの育種に取り組んでいます。
トマトのゲノム配列決定プロジェクトが開始される前から、トマト育種家は豊富な遺伝的およびゲノムリソースを利用できました。 大規模なトマト生殖質コレクションは、長い間いくつかの場所で確立されてきました。 75,000以上のトマト系統が、世界中の遺伝子銀行で保存されています。 最大のXNUMXつは、ニューヨーク州ジェニーバにあるUSDA遺伝子銀行です。
トマトゲノムのシーケンスは、2005か国間の多国籍の取り組みとして14年に開始され、2012年に完了しました。これらの取り組みは、人工知能、機械学習、高度なアルゴリズムを適用して大量の遺伝子データや表現型データを分析することで大幅に加速されました。
トマトパン-ゲノム
2020年にボイストンプソンインスティテュートの研究者は、より完全で有用なトマトパンゲノムを生成するために、野生のトマトのための高品質のリファレンスゲノムを作成しました。 彼らは、果実の風味、サイズと成熟、ストレス耐性、耐病性の根底にあるゲノムのセクションを発見しました。 非常に長いDNA断片を読み取ることができる最先端のシーケンシング技術のおかげもあり、リファレンスゲノムは既存のデータベースよりも完全で正確です。
短いDNA断片を読み取る古いシーケンシング技術は、単一塩基レベルで変異を識別します。 ただし、DNAの大きなチャンクの挿入、削除、反転、複製などの構造変異を見つけるのは得意ではありません。
2019年、国際的な研究者グループが、系統発生的および地理的に代表的な725品種のゲノム配列を使用してトマトパンゲノムを構築しました。 このデータベースには、元のリファレンスゲノムにはない4,873個の遺伝子が含まれています。 変動分析の有無により、トマトの家畜化と改良の間に、実質的な遺伝子の喪失と遺伝子とプロモーターの強い否定的な選択が明らかになりました。
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